A área de Matemática teve origem em 1976 com a criação do Centro Pedagógico de Rondonópolis (CPR) da antiga Universidade Estadual de Mato Grosso (UEMT). Em 1979, como consequência da divisão do estado, o CPR foi federalizado e passou a integrar a Universidade Federal de Mato Grosso (UFMT).
Inicialmente os docentes da área de Matemática pertenciam ao Departamento de Ciências, que também reunia docentes das áreas de Biologia e de Física. Com extinção do CPR e a criação do Instituto de Ciências Exatas e Naturais (ICEN), os docentes foram lotados no Departamento de Matemática. Com a criação da Universidade Federal de Rondonópolis (UFR), a estrutura departamental foi extinta em 2020 e os docentes foram lotados diretamente no Instituto.
Atualmente a área de Matemática é responsável pela maioria das disciplinas do curso de Matemática e por disciplinas dos cursos de Administração, Biblioteconomia, Ciências Biológicas, Ciências Contábeis, Enfermagem, Engenharia Agrícola e Ambiental, Engenharia Mecânica, Psicologia, Sistemas de Informação e Zootecnia. Também é responsável pelo programa de pós-graduação Mestrado Profissional em Matemática em Rede Nacional (PROFMAT).
O curso de Matemática foi criado e autorizado a funcionar em 1988, ano em que foi extinto o curso de Ciências (em funcionamento desde 1976). Os alunos do curso de Ciências tiveram o direito de migrar para o curso de Matemática. Apesar de ter sido criado em 1988, as raízes do curso foram estabelecidas em 1976.
O reconhecimento do curso pelo MEC ocorreu em 1995 e, desde então, já obteve quatro renovações de reconhecimento, sendo a última do ano de 2023. Quanto às estruturas curriculares, o curso de Ciências teve duas e o curso de Matemática teve dez até o momento.
A modalidade do curso sempre foi a licenciatura, que forma o universitário para atuar como professor. Porém, com as recentes demandas de pessoas com formação em matemática para atuar em empresas de tecnologia, no setor financeiro e com pesquisa acadêmica, outras oportunidades profissionais podem surgir, além da carreira de professor do ensino básico.