O Programa possui duas linhas de Pesquisa:

• Geotecnologias Aplicadas à Gestão e Análise Ambiental

Nesta linha de pesquisa busca-se investigar a gênese, evolução e estado atual de conservação/destruição dos diferentes ambientes dos biomas do Sudeste Matogrossense (Pantanal, Cerrado e Floresta Amazônica) em função da forte exploração dos seus recursos naturais (minerais, florestais, agropastoris etc) pelos sistemas de produção econômica neles implementados. Assim, tais estudos visam compreender os processos ambientais (climáticos/bioclimáticos, geológicos/geomorfológicos, hidrológicos, pedológicos, ecológicos etc) de tais ambientes e a eficiência/sustentabilidade dos modelos de gestão ambiental e conservação dos seus recursos naturais através de projetos que empreguem metodologias (modelagens de processos ambientais,  zoneamentos ambientais e ecológicos, planos de manejos etc) e instrumentos de Análise e Gestão Ambiental com amplo suporte em recursos técnicos disponibilizados pelas Geotecnologias (Sensoriamento Remoto, Cartografia Digital, Sistemas de Informações Geográficas etc).

Deste modo, os projetos de pesquisa desenvolvidos nesta linha tem como principal objetivo a produção de análises sobre os impactos ambientais verificados nos espaços urbanos e agrários, decorrentes de alterações/modificações introduzidas nos processos ambientais (climáticos/bioclimáticos, geológicos/geomorfológicos, hidrológicos, pedológicos, ecológicos) .

• Planejamento e Gestão Territorial

Esta linha de pesquisa visa analisar e compreender, através da utilização de diferentes métodos e instrumentos da ciência geográfica, a dinâmica dos processos de planejamento, ordenamento, ocupação, produção e reprodução/re-organização dos espaços regionais, agrários e urbanos, na definição de novos territórios e dos diferentes modelos de gestão dos mesmos. Tais análises serão desenvolvidas numa perspectiva político-histórica-ambiental, buscando identificar os agentes sociais de tais transformações espaciais, conhecer e compreender os processos históricos de como estas ocorreram e os reflexos sócio-ambientais que promoveram.