Atualmente o ICEN oferta cinco cursos de pós-graduação, sendo dois cursos de especialização (lato sensu) e três cursos de mestrado profissional (stricto sensu).

Lato sensu:

• Curso EaD de Especialização em Ensino de Matemática;
• Curso EaD nacional em rede de Especialização Ciência é 10!

Stricto sensu:

• PROFMAT – Programa de Mestrado Profissional em Rede de Matemática;
•  PROFNIT – Programa de Mestrado Profissional em Rede em Propriedade Intelectual e Transferência de Tecnologia para a Inovação; e
• PROFCOMP – Programa de Mestrado Profissional em Rede em Ensino de Computação.