Atualmente o ICEN oferta cinco cursos de pós-graduação, sendo dois cursos de especialização (lato sensu) e três cursos de mestrado profissional (stricto sensu).
Lato sensu:
- Curso EaD de Especialização em Ensino de Matemática;
- Curso EaD nacional em rede de Especialização Ciência é 10!
Stricto sensu:
- PROFMAT – Programa de Mestrado Profissional em Rede de Matemática;
- PROFNIT – Programa de Mestrado Profissional em Rede em Propriedade Intelectual e Transferência de Tecnologia para a Inovação; e
- PROFCOMP – Programa de Mestrado Profissional em Rede em Ensino de Computação – link em breve.