A pesquisa é um dos pilares que estruturam as atividades realizadas pela Faculdade de Ciências Aplicadas e Políticas. No âmbito da pesquisa, os(as) docentes são estimulados(as) a cadastrarem projetos de pesquisa e a participarem dos programas de iniciação científica, prezando pelo envolvimento efetivo dos(as) estudantes.

Atualmente, os(as) docentes da Faculdade de Ciências Aplicadas e Políticas mantém três grupos de pesquisa, registrados no Diretório dos Grupos de Pesquisa no Brasil (CNPq):

1. Grupo de Avaliação e Simulação de Políticas Públicas (GAPS), liderado pelo Prof. Dr. Carlos Eduardo de Freitas.
2. Grupo de Estudos e Pesquisas em Administração (GEP@D), liderado pelo Prof. Dr. André Luís Janzkovski Cardoso.
3. Núcleo de Estudos e Pesquisas em Desenvolvimento Econômico e Regional da UFR (NEPDER-UFR), liderado pela Profa. Dra. Angel dos Santos Fachinelli Ferrarini.

A Faculdade de Ciências Aplicadas e Políticas também possui importantes meios de divulgação científica:

1. Congresso de Administração do Sul de Mato Grosso (CONASUM). Trata-se de um evento acadêmico com publicações científicas, realizado pelo Curso de Administração desde 2013, com participação de pesquisadores locais, regionais, nacionais e internacionais.
2. Congresso da Faculdade de Ciências Aplicadas e Políticas (CONFACAP). Trata-se de um evento acadêmico que acontece paralelamente ao CONASUM, integrando estudantes e docentes dos três cursos de graduação da Faculdade de Ciências Aplicadas e Políticas.
3. Revista Estudos e Pesquisas em Administração (REPAD). É uma iniciativa do Curso de Administração, cujo propósito é publicar e divulgar artigos científicos da área de administração e afins.