O Conselho Superior Universitário (CONSUNI), regulamentado pela Resolução CONSUNI/UFR nº 77, de 29 de maio de 2023, é o órgão máximo de função normativa e deliberativa, de planejamento e de julgamento de recursos de natureza acadêmica, administrativa, econômico-financeira e patrimonial. Este conselho reúne-se durante o ano acadêmico, ordinariamente, uma vez ao mês e, extraordinariamente, sempre que convocado pelo presidente ou por requerimento da maioria absoluta de seus membros.

Integram o Conselho Universitário: o(a) Reitor(a), que o preside e mantém o direito de voto exclusivamente em caso de empate; o(a) Vice-Reitor(a); os(as) Pró-Reitores(as); os(as) Diretores(as) de Institutos e Faculdades; representação docente, discente e técnico-administrativa eleita por seus pares; um representante da sociedade civil organizada, por meio de chamamento público; um representante indicado pelo Governo do Estado de Mato Grosso; um representante dos servidores aposentados da Universidade Federal de Mato Grosso – Campus Rondonópolis – ou da Universidade Federal de Rondonópolis, por meio de chamamento público.